O mercado de balcão é dito organizado no Brasil quando as instituições que o administram criam um ambiente informatizado e transparente de registro ou de negociação e têm mecanismos de auto-regulamentação. Nos mercados de negociação - onde também essas instituições são autorizadas a funcionar pela CVM e por ela são supervisionadas - cria-se um ambiente de menor risco e transparência para os investidores se comparado ao mercado de balcão não organizado. mercado de balcão não organizado Mercado de títulos e valores mobiliários cujos negócios não são supervisionados por entidade auto-reguladora.

No mercado de balcão os valores mobiliários são negociados entre as instituições financeiras sem local físico definido, por meios eletrônicos ou por telefone. São negociados valores mobiliários de empresas que são companhias registradas na CVM, e prestam informações ao mercado, não registradas nas bolsas de valores.

O primeiro mercado de balcão organizado mercado de balcão organizado Ambiente de negociação administrado por instituições auto-reguladoras, autorizadas e supervisionadas pela CVM, que mantêm sistema de negociação (eletrônicos ou não) e regras adequadas à realização de operações de compra e venda de títulos e valores mobiliários, bem como à divulgação das mesmas.destinado à negociação de ações criado no Brasil foi a Sociedade Operadora de Mercado de Ativos Ativos Bens e direitos possuídos por uma empresa ou fundo de investimento. Para fundos de investimento, representa todos os títulos (títulos públicos, títulos privados, ações, commodities, cotas de fundo de investimento, etc.) que compõe a carteira do fundo- SOMA, adquirida pela BOVESPA¹ em 2002. Em seu lugar, foi implantado o SOMA FIX, atual mercado de balcão organizado de títulos de renda fixa da bolsa paulista.

Atuam como intermediários neste mercado não somente as corretoras de valores, membros da BM&FBOVESPA, mas também outras instituições financeiras, como bancos de investimento e distribuidoras de valores. Além das ações, outros valores mobiliários são negociados em mercados de balcão organizado, tais como debêntures, cotas de fundos de investimento imobiliário, fundos fechados, fundos de investimento em direitos creditórios - FIDCs, certificados de recebíveis imobiliários - CRIs, entre outros.

CETIP - Câmara de Custódia e Liquidação

A CETIP atua como Entidade de Balcão Organizado e como câmara de custódia e liquidação de títulos e valores mobiliários, por autorização da CVM - Comissão de Valores Mobiliários e do Banco Central. Dessa forma, faz a guarda eletrônica (custódia) de títulos emitidos por instituições financeiras e por empresas de diversos setores da economia, no caso dos valores mobiliários. Também efetua a liquidação financeira das operações, transferindo a titularidade dos títulos negociados do vendedor para o comprador e creditando e debitando o valor correspondente em suas respectivas contas.

Além disso, a CETIP é um ambiente de negociação, onde são registrados os negócios de compra e venda de títulos e valores mobiliários realizados por telefone, entre as instituições financeiras, ou são efetuadas operações online, diretamente na Plataforma de Negociação Eletrônica - o CetipNET. Nesse ambiente, podem ser negociados todos os valores mobiliários de renda fixa do país, como debêntures, cotas de fundos de investimento em direitos creditórios (FIDC) certificados de recebíveis imobiliários (CRI), notas comerciais, títulos do agronegócio e derivativos derivativos Denominação genérica para operações que têm por referência um ativo qualquer, chamado de "ativo base" ou "ativo subjacente" (que em geral é negociado no mercado à vista). Derivativos usualmente têm uma data de vencimento. Exemplos de derivativos são opções de compra/venda, futuros e swapsde balcão. Somente neste último segmento, a CETIP registra 8 tipos diferentes, como Contratos de Swap, Swap Em termos gerais, são acordos de troca de rendimentos gerados por dois ativos diferentes. Os tipos mais convencionais de swaps são acordos de troca de juros pagos por títulos diferentes ou títulos denominados em moedas diferentes.Opções, Termo de Moeda, Swap de Fluxo de Caixa e com Reset, entre outros.

A CETIP foi criada como associação civil, sem fins lucrativos, pertencente às instituições financeiras, que eram suas associadas. Em maio de 2008, a CETIP passou por seu processo de desmutualização e foi transformada em uma sociedade anônima, passando a operar sob a denominação de CETIP S.A. - Balcão Organizado de Ativos e Derivativos. 

O Mercado de Balcão Organizado é um dos volumes dos Cadernos criados pela CVM e contém informações mais detalhadas sobre o tema.

¹ Na época, a BOVESPA ainda não havia se integrado à BM&F.